中药网络药理学的研究策略与技能及分子对接研讨班

中药网络药理学内容大纲

日期

时间

题目

课程内容

第一天上午

9:00-10:45

中药网络药理学简介

网络药理学的发展历程和研究现状简介

中药网络药理学SCI论文的详细剖析

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

中药网络药理学简介

中药网络药理学的核心问题

中药网络药理学的研究路线

12:00-13:30

午餐及午休

第一天下午

13:30-14:00

中药有效成分的查找

常用中药数据库及使用方法

14:00-15:30

中药网络药理学研究的数据来源

化合物结构信息、靶点、ADME信息查询

用中药数据库查询中药的成分、靶点

用药靶数据库查询化合物靶点

用化合物结构相似性预测化合物靶点

基于药效团模型预测化合物靶点

用分子对接验证化合物靶点

15:30-15:45

茶歇

15:45-18:00

疾病相关基因的查找及获得

用数据库查询疾病相关基因

分析GEO数据库中的基因芯片数据，获取疾病相关基因

18:00-19:30

晚餐

第一天晚上

19:30-20:40

基于AutoDock软件的分子对接（一）

软件安装

下载小分子配体和蛋白受体的结构文件

准备配体文件和受体文件

确定对接区域

20:40-20:50

休息

20:50-22:00

基于AutoDock软件的分子对接（二）

准备对接参数文件

分子对接

查看和导出分子对接结果

第二天上午

9:00-10:45

网络药理学的实用技能介绍（一）

基因ID转换

用DAVID进行GO富集、通路富集、tissue富集、疾病基因富集分析；KEGG、Metascape、MetaboAnalyst  通路分析

用Connectivity  Map分析药物机制

10:30-10:45

10:45-12:00

基因功能相关网络构建

基因共表达网络构建

12:00-13:30

午餐及午休

第二天下午

13:30-15:30

网络药理学的实用技能介绍（二）

全基因组网络数据获取

Cytoscape软件构建和分析网络：网络构建；基本拓扑特征计算；重要节点识别；网络拓扑指标含义；模块分解；子网络提取；网络可视化；数据输入输出；图形导出；Cytoscape插件的安装和使用等

15:30-15:45

15:45-16:30

药物影响的子网络的构建、成分-靶点网络、成分-靶点-通路网络构建

常用图形绘制方法介绍

课程总结及文献分析

网络药理学课题设计、论文撰写、基金申请介绍

备注：携带电脑，方便跟随老师进行软件操作，上课软件为Cytoscape。

另需安装ZOOM网络会议软件方可进行网络会议