电影故事讲述平静祥和的艾泽拉斯大陆陷入战争即将爆发的边缘，它的文明遭到令人畏惧的种族的侵略：兽人战士逃离濒临灭亡的家园，意欲占领新的土地。黑暗之门开启，两个世界连接在了一起。一方阵营面临着毁灭，一方阵营面临着消亡。敌对的两位英雄不得不展开生死较量，他们各自的家人、人民和家园的命运悬于一线……于是，一场力量与牺牲的恢弘冒险即将展开，战争不再是非黑即白的纯粹，每个人都为着各自的目标奋起而战。

故事发生在Nemo与父亲团聚的六个月之后，主角换成了爱唠叨的Dory。记忆力短暂的她原本生活得很愉快，但一次事故让她重新记起了之前的家人和朋友，于是决定重新启程寻找原来的自己。Marlin和Nemo两父子一路陪伴她，一行人又展开了新一轮的海底冒险之旅。

在经历过外星人大举入侵地球后，人类知道，这些入侵者有一天一定会再回來。人类运用先前外星人所遗留下來的科技文明，发展出一套強大的地球防御系统，然而，20年后，这些外星人却带着人类前所未见、更先进強大的武力再次入侵地球，带来更大的全球灾难，几位勇敢的年轻人，他们挺身而出，将再一次为人类生存而战斗。