按照国家防总副总指挥、应急管理部部长黄明的安排部署，6月28日，国家防总秘书长、应急管理部副部长兼水利部副部长周学文主持防汛专题视频会商调度。会商强调，要深入贯彻习近平总书记关于防汛救灾的重要指示精神和党中央、国务院的决策部署，充分认识气候的极端性，强化风险意识，树立底线思维和极限思维；北方地区要坚持防汛抗旱两手抓，警惕旱涝急转，南方重灾区要加快水毁工程修复，尽快恢复防洪功能，牢牢把握防汛救灾工作主动权。
气象、水利、自然资源部门介绍了天气预报、水情预测和地质灾害情况，山东、吉林、安徽防办汇报了汛情灾情防范应对工作。会商指出，26日至28日的强降雨过程已基本结束，总体上看，各地防范应对有序有力，未造成人员伤亡和大的险情，降雨对局地旱情缓解起到了一定作用。
会商强调，要加强监测预警和会商研判，密切监视天气变化，警惕强对流天气和局地强降雨，加强雨情水情分析研判，强化防指统筹协调和部门协调联动，提前发布预警信息，重点做好强降雨区的预警响应联动和“叫应”机制落实；要严防城市内涝，加强城市排水管网、排涝泵站等设施的检查和管护，落实城区河道、地下公共空间、隧道涵洞、下沉式立交桥等重点易洼易涝部位的防洪排涝措施。北方地区将全面进入主汛期，在全力抓好抗旱保供水工作的同时，要严防旱涝急转，始终坚持防汛抗旱两手抓，从查险整险、物料队伍、预案体系、应急管理、组织责任等方面，全面落实防汛措施，强化分类指导，有汛防汛、有旱抗旱、有涝排涝，全力做好防汛抗旱各项工作。前段时间江南、华南、西南部分地区洪涝灾害严重，水毁工程多，有关地区要抓紧进行水毁修复和应急整险，尽快恢复工程防洪抗灾能力，夯实安全度汛基础，为后期防汛抗旱防台风做好充分准备。
国家防总山东工作组于27日抵达青岛后，赴部分积水点及地铁站，现场检查了城区积水点应急排涝以及地铁防范应对等情况，抽查了青岛市应急预案编制修订和预警应急响应联动情况。截至27日20时，青岛市所有积水点已全部消除。