Foundation Medicine-全球肿瘤基因检测行业标杆2017年11月，美国食品和药品管理局（FDA）批准Foundation Medicine公司的FoundationOne CDx (F1CDx)用于肿瘤临床诊断。这款产品是目前FDA批准的唯一一个临床肿瘤用药的泛癌种伴随诊断。这个批准大家可能从字面上理解不了有多牛，在这里跟大家详细说明下。第一个关键词，泛癌种：FoundationOne CDx (F1CDx)是适用于所有实体瘤的全基因组测序。第二个关键词,伴随诊断：伴随诊断的意思是foundation的检测结果是FDA认可的，可直接指导临床医生用药的诊断级别的全基因报告，而除此之外，其他机构的报告只能供临床医生参考。第三个关键词，324个基因：目前市面上很多基因检测公司都宣称能检测600多甚至800多个基因，个别的还能检测1000多个基因，一般大家会认为同样的价格肯定检测的基因越多越好，实际上，基因检测的含金量跟数量没有太大关系。FoundationOne CDx测序中包含的324个基因，全部是经过证实有获批或在研药物的基因，并且是检测所有基因变异的类型：碱基替换、插入和缺失、拷贝数变异和重排。小的公司为了节约成本或是受技术影响，只做热点检测，或者只检测碱基替换和插入缺失，造成很高的漏检率，导致很多假阴性结果的出现，患者花了钱，却什么也没检测出来。除了可检测324个和肿瘤密切相关的基因突变，还可以检测TMB和MSI两个基因组特征，是FDA批准的首款获得突破性认定的癌症NGS体外诊断检测产品。
基因检测的阵地就是实验室，必须要获得国家相关部门的认可，或者国际实验室资质认可。就像医学类院校的学生要当临床医生首先要有医师执业证，一家合格的基因检测公司要接收患者的组织样本出具报告，首先要具备CAP与CLIA双认证，被视为临床检测行业内金标准。FoundationOne CDx在此基础上还通过了纽约州卫⽣署和MolDx技术评估。美国FDA授予FoundationOne CDx该产品上市，充分说明美国FDA认可该产品检测性能的同时也认可了该机构对结果的综合分析能力。更值得一提的是，FoundationOne CDx还同时获得了美国医疗保险和医疗补助服务中心（CMS）的评定，纳入了美国的医保报销范围，足以证明这项检测卓越地检测分析性能及结果的综合分析能力对癌症患者和临床医生的意义重大。FoundationOne CDx是国内唯一一家通过三类医疗器械的审批的基因检测机构。国家对于医疗器械有着严格的分类，而三类医疗器械是最高级别的医疗器械，也是必须严格控制的医疗器械，是指植入人体，用于支持、维持生命，对人体具有潜在危险，对其安全性、有效性必须严格控制的医疗器械，比如心脏起搏器等。因此，FoundationOne CDx不管是在国内还是国际上，所获得的认证都是无可比拟的。FoundationCore是目前世界上最大的癌症基因组数据库之一，拥有超过18万患者的数据记录；相对于人群患病率，它特别适合罕见癌症的治疗，因此，对于一些在临床中治疗中没有获益的人群它是进行基因组靶向的宝贵资源。
FoundationCore除了用于美国癌症中心前沿项目的研发和探索，同时也与全球50家以上的生物制药企业合作，帮助加速新的靶向药物研发，因此，foundation纳入的检测靶点具有前瞻性，比如NTRK这个基因，在治愈系药物拉罗替尼和恩曲替尼上市后，如今已成为一个泛癌种的明星靶点，而在几年前，国内几乎无人知晓的时候，这个靶点已被foundation收录，并且国外有很多晚期患者通过foundation检测入组拉罗替尼和恩曲替尼的临床试验，挽回了生命。详情点击：不限癌种！美国新型抗癌药物挽救了各类晚期癌症患者的生命！国内患者可申请！分析认证和临床验证双保险，确保准确无误的检测结果！
分析验证是为了确保测试可以检测出承诺能检测到的基因（准确性、精确度）
插入/缺失（1-40bp, MAF 10-100%）敏感性: >95% (>99% for ALK融合) 阳性预测值: >99%临床验证是比分析验证难度更高也是更为重要的，因为临床验证直接关系到预测临床治疗效果的。foundation的临床验证结果证实患者经过检测可获得生存获益（肿瘤缩小，无进展生存期，总生存期，风险比）。由于foundation medicine对癌症临床治疗的指导意义，美国知名癌症中心如MD安德森癌症中心、纪念斯隆凯瑟琳癌症研究院、丹娜法伯癌症研究院、麻省总医院等全球知名癌症机构的专家都会推荐患者接受foundation的基因检测，并肯定foundation的检测结果！
此外，在全球肿瘤医生网查阅的大量文献中，很多明星抗癌靶向药的临床试验检测部分均指定Foundation Medicine进行靶点检测，比如大名鼎鼎的”治愈系“神药拉罗替尼等等。甚至开发了专门针对该类药品的NTRK融合检测。关于FoundationOne CDx检测的五个问题！
FoundationOne CDx检测肿瘤DNA所有突变类型
人的DNA是遗传物质的载体，而基因就是DNA中真正有含义的片段。癌友之所以会得肿瘤，归根结底是由于身体内累积了许多有害的基因突变，千奇百怪的变异，最终导致了癌症。
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癌细胞中可能发生许多类型的基因改变。基于DNA的改变主要类型包括：碱基替换，插入或缺失，拷贝数变异，重排。
传统的基因检测的技术其实很多，从等位基因特异性PCR，Sanger双脱氧测序到FISH,ICH，每种检测都有一定的缺陷。以HER2为例，在我国，IHC和FISH是检测HER2的金标准，但FISH/IHC 检测存在局限性，只能检测蛋白表达和拷贝数改变及重排，而引起HER2功能改变的 HER2的遗传水平的变异包括：拷贝数的改变、重排、插入和缺失、 碱基替换，造成我们国家HER2检测的漏检率高于其他国家。
还有很多小的公司为了节约成本或是受技术影响，也只做热点检测，或者只检测碱基替换和插入缺失，会造成很高的漏检率，导致很多假阴性结果的出现。
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FoundationOne CDx是基于二代测序的全基因组测序
二代测序的出现，完美的弥补了传统单基因检测和热点基因检测的漏洞，使患者用非常宝贵的组织切片，只进行一次检测，就能获得更为精准和全面的基因分析，二代测序技术目前分为三类：
1.WGS全基因组测序：如果将人类的2万多个基因比作是一本书，那么WGS测序是将这本书第一页的第一个字读到最后一页的最后一个字。
优点：最全面。可同时检测整个基因组中的替换，重复，插入，缺失，插入，基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。缺点：昂贵和低产量; 需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学; 对数据存储和处理有巨大的计算需求。2.WES全外显子测序：如果将人类的2万多个基因比作是一本书，那么WES测序是挑这本书20页中的外显子来看，而排除非常重要的内含子，因为融合基因的突变通常时发生在内含子上的，会漏掉ALK,ROS1,NTRK融合这些意义非常重大的用药靶点。优点：综合性中等。在同一检测中，可同时检测许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。缺点：昂贵; 需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。3.CGP(comprehensive genomic profiling)全面基因组测序：如果将人类的2万多个基因比作是一本书，那么CGP测序是精准的挑选第一页的第三段，第五页的第四段...这些已明确的跟肿瘤发生发展密切相关的靶点进行检测。
优点：能够同时检测单个测定中许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点，如FoundationOne TM。缺点：昂贵; 需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。国家卫健委之前颁布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则（2018 年版）》，明确指出：抗肿瘤药物临床应用需在病理组织学确诊后或基因检测后方可使用。其中也罗列了需要和不需要癌症基因检测的常用的小分子靶向药物和大分子单克隆抗体类药物。但是这份指导原则仅覆盖了国内上市的靶向药，全球肿瘤医生网结合国外新药上市的情况给大家做了系统的盘点。各类靶向治疗需要检测的靶点和不需要检测就能使用的药物一览表：
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癌症免疫疗法具有利用我们自身免疫系统的力量治疗癌症的超能力。但是，并非所有的癌症免疫疗法都适用于所有患者。比如近年来风头正盛的免疫检查点抑制剂治疗实体瘤的总体反应率（ORR）仅20-40％，因此确定哪些患者可能受益于免疫治疗而哪些患者不受益是至关重要的，因为免疫治疗本身很昂贵和并且具有一定毒性。Foundation Medicine为所有晚期患者提供TMB，MSI *和PD-L1分析，帮助确定更多适合免疫疗法的患者。1.肿瘤突变负荷（TMB）
TMB是一种定量的生物标志物，它表示了人体内每百万个碱基中发生错误的数量。具有高TMB的肿瘤细胞具有较高的新抗原水平，这被认为可以帮助免疫系统识别肿瘤并刺激抗肿瘤T细胞的增殖和抗肿瘤反应。但是，可改善生存期的TMB切点值在不同癌症类型之间存在显著不同的差异，也就是说，不同的癌症类型，预测免疫治疗效果的TMB值是不同的。并且，不同的基因检测公司对于TMB的算法也有着天壤之别，可能同一个患者在一家公司检测的值很高，在另一家的值极低，这时，临床医生无法根据报告做出决策。而FoundationOne CDx对于TMB的分析是被FDA批准的独家专利算法，分为高，中，低和不确定，这是目前国内任何公司都无法复制和掌握的算法。微卫星不稳MSI是一种基因组生物标志物，是缺陷错配修复（dMMR）的标志，它导致异常高频率的基因突变。MSI高状态与更高的新抗原表达相关，这有助于免疫系统识别肿瘤。在20多种实体瘤中已检测到14种高MSI水平，因此强调了测试所有患者该关键生物标志物的重要性。
3.程序性死亡配体1（PD-L1）
PD-L1是一种蛋白质生物标志物，与免疫系统抑制密切相关。阳性的PD-L1免疫组织化学（IHC）可以表明患者对免疫疗法的反应会更高。但是，这种生物标志物的可变性凸显了需要额外的工具来预测哪些患者可能是免疫疗法的候选人。通过将PD-L1，TMB和MSI测试结合起来评估免疫治疗是否能获益。如果不幸报告中没有获批的靶向药，也不要气馁，因为很多患者可以从临床实验中获益。和国内大部分检测机构出具报告的临床试验推荐完全不同（国内一些基因检测机构只是根据突变靶点去clinicaltrails.gov临床试验官网搜一些列上去，这个工作小编也能做，如果大家有基本的英语水平，也可以从这个网站上找到临床试验）。而Foundation报告的含金量就在于数据分析，这是需要庞大的数据库及权威的分析团队，包括分子生物学专家、病理医生，肿瘤医生、生物信息学专家、免疫学专家等通力合作，针对你的每一个突变位点掘地三百尺，查阅文献，相似病历，为你找到最匹配的治疗药物，以及你能够参加的前沿药物临床试验，因为，全球热门的抗癌新药研发，都指定这些权威的检测公司进行检测，比如大名鼎鼎的治愈系神药拉罗替尼，因此，这两家公司对每款抗癌新药的研发进展，有效率，适合哪些患者都门清，这不是国内任何一家公司可以媲美的。很有晚期患者因为有机会参加foundation推荐的全球最新的药物临床试验，实现奇迹般的逆转！晚期癌症患者基因检测无靶向药，但却获得了更好的治疗！
最后，Rossy再次很负责任的向所有的癌症患者推荐foundation基因检测，注意，这绝对不是广告，因为这样的一家公司实在无需广告，只是为了让更多的癌症患者了解到真正权威的基因检测究竟是怎么做的，少些骗局和悲剧！（前几天听说一位医院主任与某检测公司合作，推荐一位患者去做基因检测。但该患者的检测样本因临时有事耽误了几天，还未寄出，却已经收到检测公司寄回的报告。主任大为光火，虽然中止了与上述检测公司的合作，但相信国内还有很多无良检测公司打着精准医疗的幌子诈骗患者的救命钱，请大家务必选择权威检测机构！）