经学术界反复讨论，大多数学者认为：清雍正五年（1727），平定西藏噶伦阿尔布巴等乱之后，雍正帝命马喇、僧格二人为驻藏大臣，为有清一代驻藏大臣正式设置的时间。时驻藏大臣之职权，仅是凡诸事与郡王颇罗鼐会商办理而已。至乾隆十五年（1750）平定西藏郡王珠尔默特那木札勒之乱后，废郡王制，驻藏大臣的职权有所提升，规定：“凡卫藏事务，皆命驻藏大臣会同达赖喇嘛裁决。”到乾隆五十四年（1789）清朝抗击廓尔喀（又称巴勒布，今尼泊尔）第一次入侵西藏战争之后，乾隆帝于二月十七日谕令成都将军、驻藏办事副都统鄂辉等，“妥办定边事宜”，订立章程。六月十三日，鄂辉等即上奏酌筹善后十九条，首次提出：

驻藏大臣应每年亲历后藏一带巡查，并将该处防兵就便查察。其噶布伦（即噶伦）亦当按年亲往各处巡查一次，以重地方也。

奏折中，还详述驻藏大臣、噶伦每年按期巡边的理由及于藏地大为有益之处。

同年六月二十七日，军机大臣和珅等遵旨议复上述鄂辉等善后章程十九条奏折中，对其中驻藏大臣、噶伦按期巡边一条议云：

查后藏系班禅住锡之地，既拟于该处添设防戍，必须驻藏大臣随时稽查，方为有益。今该将军等奏请，嗣后于驻藏大臣二人内按年分为两次，轮赴后藏，就便于各处巡查之后，亲加操演，自为保护后藏地方起见。应如所奏，按年分为两次轮往，以示严威……嗣后准令噶布伦等，于四人内每年轮派一人，于春秋农隙时，亲往各处巡查一次……

军机大臣议准章程十九条后，“朱批：依议速行”。这应是清代驻藏大臣巡边及操演制度最初的确立。

可是，仅过二年，即乾隆五十五年，廓尔喀发动了第二次入侵西藏的战争，并迅速占领了后藏聂拉木、济咙、定日等地，长驱直入，攻陷日喀则，大掠札什伦布寺。在这严重的形势下，次年初，乾隆帝遂任命嘉勇公福康安等率各路清军入藏，很快收复失地，并一直逼近廓尔喀首府阳布（今尼泊尔加德满都），廓尔喀投降。乾隆五十七年八月二十七日，乾隆帝鉴于廓尔喀接连两次入侵后藏，并因后藏地位的重要，在给福康安等将善后事宜各条妥办诸事的上谕中有：

撤兵后查明，凡系藏内边界一一设立鄂博，毋许私行越界。将来驻藏大臣按四季二人轮流前往实力稽查。凡济咙、聂拉木、宗喀等处务须遍行稽察，并于稽查之便，将各处所驻兵丁勤加操演，以期熟练。

而早在同年八月二十二日，乾隆帝还谕令：“至驻藏大臣二员，向俱驻劄前藏，于后藏事务鞭长莫及。嗣后应分驻一员，以资弹压。遇有事务，就近办理。”即是说，乾隆帝谕令，将乾隆五十四年所立善后章程十九条中，关于驻藏大臣于每年各一次亲历后藏巡边，改为每年四季驻藏大臣各二次巡边，且将驻藏大臣二员原均居前藏，改为一名分驻后藏。其用意在于加强后藏之边防。

然而，在同年十一月二十一日福康安等上奏酌议卫藏善后章程六款一折中，提出“本拟驻藏大臣二人按季轮流前往，但藏地入夏以后农事正忙，甫交冬令冰雪已盛，且边界距前藏甚远，往返约须两月有余，若驻藏大臣四季轮往，计算程期，此往彼回，竟不能在前藏会同办事，未免诸多窒碍。应请于春秋两季，奏明轮流前往后藏巡查边界，顺便操演番兵。经过地方，如有驻防官员、营官等苦累兵丁、番民者，准其呈控驻藏大臣随地查办惩治。至驻藏大臣所用乌拉、人夫，俱令自行给与价值，不得扰累番民，以示体恤”。十二月二十七日军机处遵旨复议上述福康安等所奏善后章程六条，也同意福康安等上述奏请，“奏入，上从之”。与此同时，乾隆帝在军机大臣议复中提出：“驻藏大臣二人同在前藏，应春秋两季轮流前往后藏，巡查边界，顺便操兵。所用乌拉人夫，自行给价，不得扰累番民”一条，也表示“应如所请。从之”。即是说，乾隆帝又认可了两员驻藏大臣均仍驻前藏。

乾隆五十八年（1793）初，清廷将以前颁布的所有关于西藏善后章程汇集起来，编为《钦定藏内善后章程二十九条》(又名《新订章程二十九条》) ，对西藏地方的政治、经济、军事、外交等各方面作了明确规定，颁发于西藏地方政府，一直施行到清末。《钦定藏内善后章程二十九条》第十三条规定了驻藏大臣巡边制度。

十三、每年春秋两季，驻藏大臣奏明皇上轮流巡查前后藏，顺便督察操演。各地甲本及营官等如有虐待兵丁、扰害百姓等情，即可向驻藏大臣呈控，定予查处。驻藏大臣巡查所需乌拉人夫等，均应自行付给脚价，不得扰害百姓，以示体恤。

此条内“每年春秋两季，驻藏大臣奏明皇上轮流巡查前后藏，顺便督察操演”，即包括前述章程中规定：春秋两季驻藏大臣轮流前往后藏巡边，以及春秋两季驻藏大臣轮流在前藏巡查及督察操演汉藏官兵。

与此同时，清朝最后确定派驻西藏官兵的驻防制度也最终确立：前藏拉萨驻扎绿营游击一员、守备一员、千总二员、把总二员、外委五员，汉兵四百五十名；后藏日喀则驻扎都司一员、把总一员、外委一员，汉兵一百四十名；江孜驻扎守备一员、外委一员，汉兵二十名；定日驻扎守备一员、把总一员、外委一员，汉兵四十名。共六百五十名。另有驻防西藏东部各台站官兵共六百八十名，以保障由川边入藏的交通畅通。而《钦定藏内善后章程二十九条》确定额设的三千藏兵设防，与清驻防绿营汉兵基本一致：“分驻前后藏各一千名，江孜、定日各驻五百名，就近挑补。每五百名番兵委一代本统领……前藏番兵归驻拉萨游击统辖，日喀则、江孜、定日之番兵则归驻日喀则都司统辖。

洎道光年间，驻藏大臣巡边之制仍然运行，如道光二年秋八月十六日，时任驻藏办事大臣的文幹从前藏出发，巡阅后藏，在札什伦布、定日和江孜操阅官兵，于九月十九日返回前藏。事后，文幹撰《壬午赴藏纪程诗》，以五言诗的形式，记录了他在道光二年依例到后藏巡边的过程。显然，文幹是受到松筠《西招五种》之启发和影响而作。

可是，至道光十三年、十四年，因西藏东部江达一带“博窝番民反乱”，时驻藏大臣隆文、关圣保等先后奏请暂缓查阅后藏营伍，得到道光帝的同意。道光十四年八月上谕中云：“……所有本年应行检边阅检，准其援照成案，缓至来年秋季再行前往。”道光十五年七月至九月，任驻藏办事大臣的文蔚，“自前藏起程，先赴江孜，定日将三汛汉番官弁兵丁各技艺，详加校阅……所有济咙、聂拉木、绒辖等处边界，极为安静。各处设立鄂博，委员查勘，亦属坚固”。以上文蔚所奏报巡视后藏三汛（后藏日喀则、江孜、定日）阅检官兵及派员查勘边界、鄂博，就成了以后驻藏大臣后藏巡边的较为固定的程式。

道光十九年三月，驻藏大臣关圣保在前藏循例校阅前藏汉藏官兵春操也继续进行。在其奏报中称：“窃查前藏汉番官兵，依例春秋二季操演，分别赏罚，以示劝惩，兹届春操，奴才预饬将备、戴琫调查番兵，随同汉兵一体操演……所演阵式、步武俱属整齐。连环排枪，声势联络……”由此可知，春秋二季前藏校阅汉番官兵是“循例”按制度而来，说明春秋操演之制是执行着的。而其上奏内容也成了以后驻藏大臣的固定程式，而渐流于形式。道光二十年，时驻藏办事大臣孟保于五月十九日奏校阅前藏汉番官兵春操，就是如此。同年秋，孟保还循例至后藏巡边，其在七月十七日的上奏中云：“窃查定例，后藏、江孜、定日三汛营伍及济咙、聂拉木等处边界，每年例应臣等一人前往查阅。”九月十五日又将其查阅后藏情况上奏清廷。

道光二十一年克什米尔查谟（Jammu）地方的多格拉（Dogra）人（藏人称“森巴人”）统治者古拉伯·辛格（Gulab Simgh）遣军侵入西藏阿里地区。此年时任驻藏帮办大臣海朴循例应于秋季至后藏巡边，七月十七日海朴等上奏清廷，请“援照道光十七年查办博窝夷务，请缓巡阅成案，饬委该管各汛将备，就近查阅”。道光二十三年十月初一日，时任驻藏帮办大臣锺方，因廓尔喀统治集团发生变乱，上奏清廷，请求当年秋季循例暂缓巡阅后藏，缓至来年春季再查。“奉旨，依议。”

锺方在任职期间曾撰《驻藏须知》一书，书中序云：“藏务类函者，乃余随时观览，经办记载之事，分为四集。后合一者也……但余在藏中不过一载有余……经见者实难免有所阙遗，惟望博雅君子采择补之耳”。内有关巡边的内容，涉及春秋二季操阅汉番官兵阵式及赏需物件；前后藏东西台站安驻文武汉番官兵数目；各处口隘处所，甚至有上引后藏边界鄂博处所等。此书不失为研究驻藏大臣职权，特别是边防的珍贵资料。

道光二十三年十月至道光二十六年十二月，任驻藏办事大臣的琦善，对原有的章程多有改订。二十四年九月琦善与帮办大臣锺方等上《酌拟裁禁商上积弊章程》二十八条；又于道光二十五年奏罢按年派员巡查哈喇乌苏（今西藏那曲）卡伦；二十六年奏罢原章程所订藏军一切操防事宜由汉官负责，改由西藏噶伦经理等。前者近代学者多引此，以此指责琦善放弃巡边之责；而光绪末年驻藏大臣联豫也以上述改制，指责琦善放弃西藏兵权。事实上，琦善只是奏罢巡视哈喇乌苏卡伦，并未涉及奏罢驻藏大臣巡边的成例；而放弃对藏军的训练权，交给西藏噶伦经管，有损清朝中央政府对西藏地方的兵权；但是两者对上述驻藏大臣巡边制度并没有影响，此制仍然照常施行。事实也如此，就在道光二十六年春，时任驻藏帮办大臣瑞元，还“自前藏起程赴后藏三汛校阅营伍，访询各处边界，均属安靖”。道光三十年又有驻藏大臣穆腾额春秋二季在前藏操演汉番官兵；驻藏帮办大臣鄂顺安秋季循例至后藏三汛校阅及巡边。

至咸丰二年（1852）时驻藏大臣穆腾额仍坚持春季于前藏校阅官兵。咸丰六年二月，新任驻藏大臣赫特贺到任后，“例应亲往后藏三汛巡阅”，并查办廓尔喀侵占济咙等处事件。咸丰七年三月，赫特贺上奏请改革（变通）西藏藏兵营制章程六条，其中涉及巡边制的有：“查驻藏大臣巡查边境，原拟按季轮流前往，经前大学士福康安定为春秋两季，后复一年一巡，历经遵办在案……嗣后请于驻藏大臣巡阅之外，相度时事缓急，专札拣委得立将备，轻骑减从，实力巡查，事可顺使操防，教演番兵技艺……不必定有年月，亦无庸报销程站赏需等银……”同年五月二十四日，议政大臣彭蕴章等遵旨会议后，对赫特贺变通藏军营制章程六条基本同意，内关于上述巡边一条云：“今该大臣请于驻藏大臣巡阅之外，酌委将备实力巡查，系为慎重边防起见，应如所拟办理。”令人费解的是，大臣会议竟然以驻藏大臣巡边制未见于西藏通制记载而提出：“至驻藏大臣查阅边境，或每季一巡，或两季一巡，或一年一巡，应命驻藏大臣体察情形，酌量办理，报部备查。”咸丰帝最后竟然也朱批“依议。钦此”。

然而，在同年十月二十四日原任驻藏帮办大臣、后升任驻藏办事大臣的满庆上奏，称各寺院喇嘛、百姓禀称，因藏内上下穷苦、连年灾荒，无力承担变通西藏藏兵营制六条，故反复思量，请免行六条，“仍照旧章遵循办理”。值得注意的是，满庆在奏折中还提到，他在咸丰七年曾循例赴后藏三汛春巡及“连年校阅前后藏春秋操演”事。说明驻藏大臣巡边制仍在执行。同年十二月二十三日议政大臣彭蕴章等遵旨复议满庆所奏，对上述驻藏大臣巡边之外，拣派将备巡查，勿庸报销程站赏需等银等三条，“准其免行”，并对议赫特贺六条时，“未能悉心商酌，诚属粗率，应请交兵部照例议处”。

至同治五年（1866），时任驻藏办事大臣景纹奏称，拟于三月十七八日，先在前藏“仍照向例”，校阅汉番春操演阵，并照例调达木八旗会合操演，三月二十日赴后藏三汛隘口巡阅。事实上，景纹于四月二十六日起程赴后藏三汛校阅营伍边界，时正值英人与廓尔喀交战，其从定日折回，由干坝、定结绕出帕里，详查隘口，密为防范。在奏折中，景纹还提到，其五年春操之前，因赡对（今四川新龙）之乱，由驻藏大臣奏请将春秋操演暂行停止，“迄今已届五年之久”。即是说，在道光三十年至同治四年（1850—1854）驻藏大臣春秋二季在前藏的阅演汉番官兵的春操，因瞻对之乱而停止。至六年春，景纹还校阅前藏番官春操。

同治十一年，时逢轮到驻藏帮办大臣德泰巡边，其先至前藏校阅春操，六月前往后藏三汛校阅官兵及巡查边界。九月初十日，德泰复奏其巡视边隘，查明防守疏懈并陈管见，奏折中云：“其定日、聂拉木边界营伍，务须力求整顿以资镇压一节，奴才已经亲往，除严整营伍，实力阅操外，尚在聂拉木隘口认真稽查……再，查定日乃极边，相距外夷较近之汛，所有汉营额设防兵四十名，现除事故各兵外，实有防兵十二名，亦属兵单，不足以壮声威，谨拟设法足额，方于操防有裨也。”

在光绪初，驻藏大臣巡边制度仍然继续执行，如光绪元年（1875），时驻藏大臣希凱曾“循照旧制”，委派驻防后藏潼川营都司庆山于十月中旬赴后藏三汛校阅，并巡查边界。此乃违章派后藏都司代为巡边，其因可能是希凱已病重，次年即病卒有关，但却开以后驻藏大臣不再亲临巡边之先河。接任驻藏办事大臣松溎，在其任内（光绪元年抵藏，五年底返京），则较好地循例执行巡边制度。据现存其奏稿记，其曾于光绪二年春、秋两季，三年秋季，四年春、秋两季，五年春、秋两季，校阅前藏官兵操演；又曾于光绪二年秋八月十九日从前藏至羊八井，再驰抵后藏看视班禅额尔德尼，阅看汉番官兵操演；再赴定日，并察聂拉木等处边界隘口，因大雪返后藏；再由南到江孜，校阅营操，于十月十二日转回前藏。又于光绪四年秋八月初二日仍由羊八井至后藏、定日及边界巡阅，并令哲孟雄头人等到江孜面询，于九月二十四日回前藏。光绪五年秋，轮至时驻藏帮办大臣色楞格至后藏巡阅后藏、江孜、定日三汛及边界。光绪六年，时继松溎任驻藏办事大臣的色楞格曾循例至后藏三汛及边界巡阅。又奏请变通前藏官兵阵式暨校阅汉番官兵秋操。

然而，自光绪十四年至三十二年，英国发动了两次武装入侵西藏的战争，英军均由后藏边境入侵，边防不守。在英第一次入侵西藏期间，清廷曾于光绪十四年十月谕令时驻藏大臣升泰速赴边与英军面议退兵定界等事。十一月，升泰至帕里南仁进冈与英印政府保尔（A. W. PauL）谈判，于次年病故于仁进冈。战争结果是中英双方先后签订了不平等的《中英藏印条约》（1890年3月17日，加尔各答）和《中英藏印续约》（1893年12月5日，大吉岭）。根据上述条约，划定了后藏与廓尔喀、哲孟雄、布鲁克巴的边界。据继升泰为驻藏大臣的裕钢在光绪二十六年闰八月十六日的一份译咨达赖喇嘛文云：

照得本年循例奏派西藏游击陈锟代巡后藏、定日、靖西各汛营，饬令自藏起程。先由羊八井取道后藏，校阅汉番官兵技艺；驰赴定日，校阅营伍，巡查边隘；折回江孜，转道前赴靖西，校阅汉番营伍。事竣，由江孜大道旋藏。所有该游击随带官役、兵丁等，沿途应用夫马，业已酌减，以免苦累番民……

上云每年由驻前藏清军游击代驻藏大臣轮至后藏巡边，已成“循例”，可知自约光绪十四年之后，驻藏大臣每年亲至后藏巡边之制已逐渐废弛。这种情况一直延续到宣统元年（1909）。据宣统二年驻藏大臣联豫一份奏折云：

及雍正初年准噶尔“夷匪”乘隙窥藏，诏以川、陕兵二千留防藏地，派大臣正副二人分驻前后藏以镇抚之，是为增设帮办大臣之始。盖以军队分布要地，必须各有大员统率也。事平之后，遂相沿以为定制。每季以一人出巡，一人居守。出巡之际，周历鄂博，查阅营伍，于边防诸多裨益。乃法久弊生，輶轩所至，动劳供张，即本官严于驭下，而番目、译人借端派累，怨讟易滋，且制兵窳败情形，实亦无可校阅，近数年来此典亦废。

上述雍正初驻藏大臣已分为办事大臣与帮办大臣正副两员不确，此乃后来才明确分正副，且两大臣一直均驻前藏，非分驻前后藏（说见前）。奏文中，分析了驻藏大臣巡边制“法久弊生”的诸多原因：一是驻藏大臣驭下无方，遂使手下汉藏官员多摊派勒索，苦累藏民；二是驻藏官兵及藏军窳败，以致无可校阅。特别是光绪三十二年在英军第二次武装入侵西藏后，中英签订的不平等的《中英续订藏印条约》（1906年4月27日，北京）附约中，英国又取得在江孜、噶大克开关贸易等特权，以及赔款五十万英磅，三年付清之前，驻兵占据春丕为质，还“将所有自印度边界至江孜、拉萨之砲台、山寨等一律削平，并将所有滞碍通道之武备全行撤去”。至此之后西藏地方的边防，事实上已如同虚设。驻藏大臣巡边制度就失去了存在的意义。

其实，自清末在列强不断侵略之下，中囯逐渐沦为半殖民地半封建社会，国力衰弱，政治腐败，这才是驻藏大臣巡边制度废弛的根本原因。内云“近数年来此典亦废”，则明记驻藏大臣巡边之制数年前已完全废弛。

到光绪三十三年查办藏事的张荫棠就在其奏拟善后事宜十六条中，提出“拟将驻藏大臣、帮办大臣两缺裁，改设行部大臣……所有达赖、班禅等均归节制，以重事权，而定主国名义。其下应设左右参赞、左右参议四缺，分现内治、外交各局事务，应由行部大臣参酌奉天将军赵尔巽奉天官制章程奏明办理”。但清廷未采纳。而宣统二年二月清军机处却电咨驻藏大臣联豫，提出驻藏帮办大臣“是否照旧章仍驻后藏”。此乃有加强后藏边防，以变革废弛之驻藏大臣巡边制度的用意在内。同年十一月十一日，联豫却上奏，回顾了驻藏大臣巡边制度的废弛，以为二大臣分驻前后藏相距太远，延误公事，故“请裁驻藏帮办大臣改设左右参赞”。具体方案是：

现拟请于前藏添设参赞一员，以前藏参赞作为驻藏左参赞，禀承办事大臣筹划全藏一切要政；以后藏参赞作为驻藏右参赞，禀承办事大臣总监督三埠商务，均由办事大臣奏保堪胜人员，请旨简放。

内后藏右参赞之设，隐有替代原驻藏大臣每年后藏巡边之制，以及新增监督后藏三商埠（亚东、江孜、噶大克）之责。宣统三年二月十七日，军机大臣等议复联豫上述裁撤驻藏帮办大臣，改设左右参赞，认为“应照所请”。最后奉旨：“依议行”。这不仅是对驻藏大臣制度的改革，也是对已逐渐废弛的驻藏大臣巡边制度的变革。随即辛亥革命爆发，清朝被推翻，中国历史进入一个新时期。

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