仙居生物多样性科教中心是“仙居县域生物多样性保护和发展利用示范工程”法开署贷款项目的子项目之一，于2018年开工建设，总投资约1.5亿元人民币，总用地面积约17748平方米，总建筑面积18376.87平方米，包括仙居生物多样性博物馆与生物多样性科研监测中心及相关配套设施。

主要展示仙居特色影像片段，呼应本展馆的地质、动物、植物和文化的丰富性和多样性，从入口处便激起参观者的兴趣。

讲述的是构成仙居生物多样性基础的西罨寺复活破火山景观和仙居地质遗迹。展区的中央是西罨寺复活破火山模型区，使用模型板块配以灯光投影来重现仙居大地100亿年前破火山复活的景观，犹如走近了一片正在活跃的火山腹地，近距离观察火山岩浆从破火山口涌出、流动和凝结成岩的全过程。展区边缘的展台是仙居国家公园火山岩标本。

介绍的是仙居括苍山省级自然保护区。区内保存着面积可观的典型原生常绿阔叶林，间有小片浙江省内唯一分布（与温州市永嘉县的交界地带）的刺叶栎落叶阔叶林。

主要以动物标本为展览形式，展示仙居县丰富的野生动物资源和濒危保护动物，以及保护措施和潜在的威胁。

以一张展示桌为中心，展示仙居县独有的昆虫物种。在展示桌表面印刷放大特写的仙居马诺亚摇蚊、仙居刺齿跳、仙居多足摇蚊等仙居特有物种图像。桌面安置4个显微镜及微缩图像，配合图文解释，在增加参观趣味性的同时，也能更好地展示仙居的特有物种。

通过展示墙和解说游戏台，展出以仙居命名的植物、杨梅农业遗产、濒危和受保护植物、菌类资源、药用植物等仙居县特有物种。

位于白塔镇的神仙居自然研学基地，包括攀越丛林、动植物观察、地质遗迹调查等活动。以神仙居丰富的自然资源为基础，致力打造一条以仙居动植物科普、考察等为主的研学线路。研学课程包括动植物品类认知、观鸟、植物标本制作、地质科普、地质遗迹考察等活动。这既能丰富参与者的自然资源知识，又能培养敬畏自然、热爱自然、亲近自然的精神。