在他晚年大部分时间里，这位文艺复兴的指标人物保持着每天记下兴趣和想法的习惯。大量用心的绘图和笔记表明，他遥遥领先于身处的时代。这也可以解释，为什么他暗自写下许多独门秘法——即所谓的“达·芬奇密码”。
列奥纳多·迪·瑟皮耶罗·达·芬奇（1452—1519），意大利文艺复兴巨子中的巨子，学识渊博，创造力无穷无尽，拥有“无法抑制的好奇心”和“爆棚的原创想象力”。他的天才思维所迸发的洞见，涵盖胚胎、直升机、潜水艇、植物的内部构造，以及其他无穷无尽的自然现象。不过，达·芬奇并不想让他的想法公之于世。他需要小心翼翼，以避免触怒那个时代的暴政和霸权。他知道，如果他的任何一次举动被当权者视为威胁，都将使他付出沉重代价。因此，他决定至少将他的一部分记录予以掩藏。达·芬奇创作了大量的笔记和草图，记录他在艺术和自然哲学上孜孜不倦的探索。同时，他经常使用一种自己设计的特殊“反字手写体”撰写手稿，以掩人耳目——将窃贼、宗教裁判官和其他敌人排斥于外。他这种特别的“镜像书写法”也许得益于他的左撇子习惯，却令觊觎手稿的不速之客抓狂。这位大师会在活页纸上以快速的线条素描勾勒出他的想法，有时他也会使用腰间携带的小纸垫。随后，他会将丰富的笔记按照主题归类排序，整理在他的笔记本里。达·芬奇去世后，他毕生的学生和伙伴——弗朗西斯科·梅尔兹继承了50部总共13000页的笔记，并带着这些笔记本去了米兰。梅尔兹去世时，许多笔记最终被出售，也有一些遗失。随后，许多笔记被装订起来，并开始以“达·芬奇手稿集”（每部手稿都由许多独立的书页汇编而成）闻名于世。达·芬奇的手稿后来成为一些世界顶尖博物馆的镇馆之宝：卢浮宫、大英图书馆、米兰安布罗修图书馆都有收藏。安布罗修图书馆拥有的收藏最多：包括1119页的《大西洋古抄本》。这部无所不包的手稿由达·芬奇于1478—1519年间汇编而成。唯一一部科学主题的手稿集——《哈默手稿》现在则由私人所有。1994年，比尔·盖茨以3080万美元的价格将其买下。这部手稿集写在72张活页亚麻布纸上，于1506—1510年间完成，主要探讨水文学。
达·芬奇神奇的大脑创作了世界上最珍贵的艺术杰作，而这些手稿为了解它提供了线索。除此之外，这些手稿也是留存至今的最佳文献记录，展示了达·芬奇那博学多能、横跨百科的才华。史上最彪炳煊赫的科学家，留下了世上最庞大的珍贵手稿集。几个世纪以来，由于不喜欢牛顿在某些学科上的见解，它的保管者们长期严格限制人们接触这些手稿。
艾萨克·牛顿爵士（1643—1727）是最杰出的科学家、数学家，也是启蒙运动中的自然哲学家。他最广为人知的功绩是对万有引力定律的数学表述，同时在微积分、经典力学、光学、色彩学等其他领域也有令人景仰的不计其数的成就。牛顿有着如此之多的重要科学发现和发明，他大概被认为是科学史上最具影响力的科学家。不过，他也有许多钻研其他学科，但知名度稍逊的著作，这使他的科学遗产变得复杂。△这两页纸选自牛顿17世纪60年代中晚期的笔记本，展露了牛顿的早期数学思想。这些思想最终发展为他的微积分理论。他详尽的笔记和计算有时会写在必须重加装订的小纸片上。
在首次于生物学上灵感闪现之后的第22年，在首次提出“自然选择”理论之后的第17年，这位英国自然学家终于在万事俱备后，出版了他那革命性的理论。这份文件集展示了达尔文的思考是如何演进的，并提供了一份纸质轨迹。
查尔斯·达尔文（1809—1882），英国自然学家、地质学家。他经常将本领域的新观察和新思考分类记录到笔记本里，同时记下的还有他最新的发现。每次提出新的概念，达尔文的字里行间都洋溢着兴奋之情。比如说，1837年7月中旬，达尔文结束了在“小猎犬”号上为期五年，且改变他一生的考察航行。回到家中不久，这位即将年满28岁的科学家画下了简略的树状图，将他一些正在萌芽的进化论思想具象化，同时写满了以“我认为”开头的句子。这些都记录在他有关物种变化的第一部笔记本（笔记本B）第36页。
1838年9月，达尔文读了托马斯·马尔萨斯的名作《人口论》。书中用假设的统计模型证明，持续增长的人口将会超过现实生活所能负荷的数量。达尔文观察到不同植物种群之间竞争求存的情况，他从中悟出了与《人口论》相同的理论。在他有关物种变化的笔记本D的第135e页上，达尔文描述了“一种强大的力量”将充分适应环境的植物变种推入“自然的缝隙”之中。如此，幸存者将把其强大的能力代代相传，而较弱的种群只能灭绝。在1842年的一份铅笔素描中，达尔文写下了“自然选择理论”几个字。不久，他又于另一处记载中写下了术语“自然选择”。日复一日的文字，记录了达尔文如何在经年累月中发展了他的自然选择理论。但他一直拒绝出版，直到准备完毕。至今，学者们仍在猜测他为何等待如此之久。显然，达尔文了解历史上天文学家和科学家们因为他们的新观点所经受的迫害。他也意识到他的理论会惹恼许多宗教权威——他们早已接受《圣经》经文所描述的神创论。△《物种起源》（1859年）的原始手稿，以及笔记本B里标志性的速写图，共同展示了进化树的原型，为达尔文的自然选择理论打下了基础。
最终，查尔斯·达尔文的进化论以《论处在生存竞争中的物种之起源（源于自然选择或者对偏好种族的保存）》之名出版于1859年11月24日。“我已经揭示了这个原则：任何轻微的进化，只要是有用的，都会被保留下来——这基于自然选择理论。”他这样写道。尽管这本书对绝大多数读者而言显得惊世骇俗，却早已不是达尔文的新观点。他建立和发展这个理论已历经了许多年的努力，一直持续到50岁。尽管他最早的兴奋和激动已经不再，但这种思考改变了科学家们看待自然世界的方式。“赫伯特·斯宾塞先生经常使用的语言‘适者生存’，”他写道，“更为准确，有时也更为适用。