全域土地综合整治是实现从现状到规划蓝图落地的有效路径，对促进耕地保护和节约集约用地，改善农村生态环境，助推乡村振兴等具有十分重要的意义。
全域土地综合整治是落实国土空间规划的重要平台和抓手。
机构改革前，为了落实耕地保护等目标，原国土资源部相继编制印发了《全国土地开发整理规划（2001年～2010年）》《全国土地整治规划（2011年～2015年）》《全国土地整治规划（2016年～2020年）》，并成立了国家、省、市、县自上而下的土地整治机构，编制形成了各级土地整治规划体系。
机构改革后，新组建的自然资源部被赋予“两统一”职责，把开展全域土地综合整治作为探索新形势下农村土地整治改革的重要举措，用创新的思路统一部署开展试点工作，在全国遴选批复了以乡镇为单元的446个试点。试点明确乡镇国土空间规划和村庄规划是实施全域土地综合整治的规划依据，全域土地综合整治是规划实施的平台和手段，试点乡镇在编制乡镇国土空间规划时，就应明确全域土地综合整治的目标任务、整治区域、主要内容、空间布局等，试点实施方案编制应与相关规划充分衔接，将全域土地整治内容纳入其中。
全域土地综合整治也是适应新发展阶段提高自然资源利用效率的重要途径。
生态环境问题，归根到底是资源过度开发、粗放利用、奢侈消费造成的。第三次全国国土调查结果显示，建设用地粗放利用的趋势尚未根本转变，全国村庄用地规模达3.29亿亩，农村存量建设用地潜力巨大。同时，局部地区的国土空间开发保护格局不合理。我国有大量坡度25度以上林地被开垦成耕地，以及坡度25度以下的耕地上种了树，其中不少是坡度2度以下的平坦耕地。
此外，耕地后备资源匮乏，占补平衡难度越来越大，个别省份将很快面临“无地可补”的困境。近年来，随着工业化、城镇化和农业现代化的快速推进，在同一空间上，乡村耕地碎片化、空间布局无序化、土地资源利用低效化、生态质量退化等多维度问题并存，亟须通过全域土地综合整治，用“内涵综合、目标综合、手段综合、效益综合”的综合性手段，提高资源利用效率。
全域土地综合整治还是顺应新发展要求促进乡村振兴的重要举措。
国内外实践经验证明，土地整治是许多国家解决社会经济发展过程中土地利用问题的一项重要措施，不同国家和地区以及同一国家的不同发展阶段，其侧重点、实施内容均有所差异，目标从单一提高农地生产力转向作为农业、农村与区域发展的重要推动力。全域土地综合整治目标与乡村振兴“产业兴旺、生态宜居、乡风文明、治理有效、生活富裕”目标高度融合，在农用地和建设用地整治方面，通过农用地集中连片整治，优化其多功能布局，便于规模化和机械化经营耕种，促进农业现代化发展，以及通过建设用地整治，盘活农村低效闲置建设用地，满足农村新产业新业态融合发展用地需求，促进产业兴旺；在生态保护修复方面，通过优化调整生态用地布局、农村人居环境整治，强化生态功能，改善生态环境，做到生态宜居；在历史文化保护方面，通过对乡村山水脉络等自然风貌和乡村地域文化特色的保留和传承留住“乡愁”，增加乡村文化价值和历史价值，促进乡风文明。综上措施，通过整治改善农业生产生活条件和生态环境，实现乡村治理有效、生活富裕。