根据反间谍法和国家情报法的规定，国家安全机关也可以行使限制人身自由的行政处罚权。为做好衔接，行政处罚法明确：“限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关和法律规定的其他机关行使。”

为完善行政处罚和刑事司法衔接机制，推动解决案件移送中的问题，行政处罚法增加规定：一是依法不需要追究刑事责任或者免予刑事处罚，但应当给予行政处罚的，司法机关应当及时将案件移送有关行政机关。二是行政处罚实施机关与司法机关之间应当加强协调配合，建立健全案件移送制度，加强证据材料移交、接收衔接，完善案件处理信息通报机制。三是违法行为构成犯罪判处罚金的，行政机关尚未给予当事人罚款的，不再给予罚款。

进一步细化过罚相当原则，强化行政处罚的教育功能。行政处罚法规定，一是尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人有违法行为的，可以从轻或者减轻行政处罚。二是初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予行政处罚。三是对当事人的违法行为不予行政处罚的，行政机关应当对当事人进行教育。

此外，在严格规范公正文明执法方面，规范非现场执法和行政处罚信息化，提高行政效率的同时体现便民原则，强化当事人的陈述、申辩等权利保护。在加强社会监督方面，健全行政处罚执行制度，明确具有一定社会影响的行政处罚决定依法公开；完善行政处罚的适用规则，明确行政机关实施处罚应当接受社会监督。

行政处罚法增加了综合行政执法制度的规定，增加了行政处罚权下放到乡镇街道的规定，以及将行政执法三项制度纳入到行政处罚法中等。

新修订的行政处罚法坚持为行政处罚权行使定规矩、划界限，为了推进严格规范公正文明执法、保障行政执法既有力度又有温度，作了一系列针对性规定。

为切实保障公民、法人和其他组织的合法权益，解决违法成本低等突出问题，新修订的行政处罚法补充了行政处罚种类，引入行为罚、资格罚等方面的行政处罚种类。对于违法所得，新修订的行政处罚法明确要求除依法退赔外予以没收。此外，明确了违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追责期限延长至五年。

为强化处罚与教育相结合原则，提高社会对行政处罚的认可度，新修订的行政处罚法也增加了许多重要举措。如明确首违可以不罚，即初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予行政处罚。明确没有主观过错不罚，即当事人有证据足以证明没有主观过错的，不予行政处罚。明确从旧兼从轻适用规则，即实施行政处罚，适用违法行为发生时法律、法规、规章的规定；但是，作出行政处罚决定时，法律、法规、规章已被修改或者废止，且新的规定处罚较轻或者不认为是违法的，适用新的规定。