聚焦药靶：穿胶水的“恶魔”，靶向蛋白降解剂中分子胶的最新进展

分子胶降解剂是一类可诱导E3泛素连接酶底物受体与靶蛋白之间发生相互作用, 经泛素化被蛋白酶体降解的小分子。与PROTAC不同的是, 分子胶对E3泛素连接酶和靶蛋白具有双配体结构特征，兼具同两个蛋白结合的功能, 促进两个蛋白发生泛素化, 对那些非可药性靶标以及蛋白-蛋白相互作用也可因之而降解。人们认为PROTAC是理性设计的产物，分子胶降解剂是幸运发现的, 其实后者是对那些偶然发现的药物经作用机制研究而揭示出的。分子胶具有分子量更小，化学机构更简单，空间干扰少（relaxed steric interference）和成药性更好的特点。但毋庸置疑的是，分子胶无法像PROTAC那样通过对各组分的大规模筛选来实现，它的设计会比PROTAC难很多。确定分子胶化合物需要广泛的理性研究, 包括结构生物学、生物化学、生物物理学、谱学和基因变异组学等[1]。

一、分子胶的发现及种类

01

天然药物的分子胶

最早的药物发现源于哈佛大学S. Schreiber等人在1991年进行的结合两个蛋白引发生物效应的研究，环孢菌素A (cyclosporin A, CsA) 和他克莫司(tacrolimus, FK506)分别属于环肽和大环内酯的结构类型, 结合的受体蛋白分别是亲环素(cyclophilin) 和FK结合蛋白(FKBP), 但发现后继的分子机制却是相同的, 都结合钙调磷酸酶(calcineurin)形成三元复合物, 钙调磷酸酶是依赖钙/钙调素的磷酸酶的催化亚基, 选择性地水解蛋白中丝/苏氨酸上的磷酸基。环孢菌素A和他克莫司犹如分子胶分别将各自的靶标蛋白与钙调磷酸酶“粘黏”在一起, 导致靶标的抑制, 这是最早被称作分子胶的药物[2,3]。另一个具有免疫抑制作用的抗生素雷帕霉素(rapamycin)也结合于FKBP, 用亲合色谱证明雷帕霉素-FKBP结合于哺乳动物雷帕霉素靶标蛋白(mTOR)。mTOR是细胞生长和增殖的重要因子, 它的变异与肿瘤密切相关。由于雷帕霉素介导非可药性靶标mTOR生成FKBP-rapa-mTOR三元复合物, 认为其扮演了分子胶的角色。上述天然药物介导两个蛋白的相互作用, 形成的三元复合物阻断了靶蛋白的功能，蛋白并没有被降解，所以它们被称之为分子胶[4,5]。

02

来那度胺

B. Ebert等[6]在2014年报道了第一个发挥蛋白质降解作用的分子胶降解剂来那度胺(lenalidomide)，研究发现来那度胺结合于泛素E3连接酶CUL4-CRBN蛋白上，呈现多效性反应, 是由于靶蛋白的泛素化而引发的。作为E3连接酶的CUL4具有特异性，被CRBN的蛋白所调控。此外，来那度胺以及类似物沙利度胺(thalidomide) 和泊马度胺(pomalidomide)等还可以同该连接酶的其他蛋白结合, 例如介导对酪蛋白激酶1α (CK1α) 的降解反应, 揭示了来那度胺治疗与染色体5q缺失相关骨髓增生异常综合征[del (5q) MDS] 的作用机制[7]。

03

吲地苏兰

吲地苏兰(indisulam, E7070) 是碳酸酐酶抑制剂, 具有抗肿瘤活性, 是作用于细胞周期G1期的靶向化合物, 对移植人肿瘤细胞的小鼠有显著抑制作用, 且具有安全性。用重组的纯化蛋白RBF39、E3连接酶的DCAF15等蛋白与吲地苏兰温孵, 得到三元复合物RBF39-indisulan-DCAF15, 没有生成任何的二元复合物, 说明吲地苏兰是连接靶标与E3连接酶的“两面胶”型的关键分子。变异的RBF39不能被吲地苏兰识别与结合, 分子胶失去了“黏合”能力, 因而表现为临床的耐药性。另外，两个苯磺酰胺化合物塔西苏兰(tasisulam) 和CQS与吲地苏兰的作用机制是相同的[8]。

04

化合物CR8

前面的范例是在已知抗肿瘤活性的机制研究基础上揭示出的分子胶, 可谓由偶然发现得来的，化合物CR8则是有目的筛选而发现的。Sabicki等[9]将4518个药物或临床前小分子与578株肿瘤细胞温孵, 测定了499株细胞中E3泛素连接酶的mRNA水平, 发现由于CR8的作用，肿瘤细胞中DCAF15蛋白的表达水平降低, 这与CUL4衔接蛋白DDB1的mRNA水平相关联。CR8作为分子胶, 结合于CDK12-cyclin K, 并与E3连接酶CUL4的衔接蛋白DDB1之间形成复合物, 从而使cyclin K发生泛素化, 继之将其降解而杀伤肿瘤。在此，CR8参与的蛋白-蛋白相互作用绕过了对底物受体的互补性要求。

05

聚酮类共价结合的分子胶

阿斯卡霉素(asukamycin)是链霉菌属代谢产物, 属于聚酮类抗生素, 能抑制肿瘤细胞增殖活性。研究表明[10]，阿斯卡霉素可通过结合UBR7和TP53的分子间胶合, 介导了TP53的抑癌作用而发挥作用, 所以是另一类分子胶。此外，另一个天然聚酮甘露霉素(manumycin A) 是阿斯卡霉素的类似物, 结构中也具有多个亲电性位点，对UBR7和TP53两个蛋白也起着分子胶的作用, 强度也与阿斯卡霉素相近。

二、分子胶的最新研究进展

据不完全统计，现将目前处于在研阶段的分子胶统计如下：

三、部分企业及药物介绍

大多数小分子依靠配体与蛋白的相互作用获得活性，而分子胶降解剂是通过调节蛋白与蛋白的界面捕获其靶点，Ikaros和Aiolos都是锌指转录因子，由于缺乏催化活性位点，属于难以用小分子进行药物治疗的靶点。然而分子胶降解剂可作用于新的靶点，包括异双功能降解剂无法达到的靶点[11]。BMS的鸟苷三磷酸酶CC-90009可最大程度地降解细胞周期G1到S期的转换1基因（GSPT1），并最大程度地降低Ikaros、Aiolos和其他与毒性相关的新底物的降解。2021年4月，《血液》杂志报道[12]，CC-90009还能杀死急性髓细胞白血病（AML）胚细胞和白血病干细胞。2021年10月，与AbbVie合作开发，针对AML受试者的安全性和有效性的1/2期临床试验由于风险/收益的不利变化，目前处于暂停状态。

诺华公司开发的分子胶降解剂DKY709可与另一个锌指转录因子Helios结合。2021年6月，DKY709单药治疗或与PDR001联合治疗晚期实体瘤患者的 I/Ib期、开放标签、多中心研究正在进行中，评估在先前接受过抗PD-1/PD-L1治疗的非小细胞型肺癌（NSCLC），黑色素瘤，或鼻咽癌（NPC）受试者中的安全性和耐受性。在确定特定治疗组的最大耐受剂量/推荐剂量（MTD/RD）后，剂量扩展将进一步评估每个方案在MTD/RD的安全性、耐受性、PK/PD和抗肿瘤活性。

分迪药业是中国首家将“AI+PROTAC+分子胶”有机结合开发新药的公司，已建立专有PRODED靶向蛋白降解药物平台，并利用此平台开发免疫新疗法的小分子创新药物，以期治愈癌症和病毒感染性疾病。目前，该公司尚未有进入临床阶段的药物。