[后台点播] 关于BF.15的乌龙球
前言
BF.15最早于2022年6月16日和19日分别在美国密歇根州和路易斯安那州检出，并在6月下旬几乎同时在英国、以色列、土澳冒头； BF.15于2022年7月31日提交到Pango委员会，于3天前（2022年8月28日）刚刚确认命名，新鲜出炉了可以说是…… 根据日本入境检疫截获的7例BF.15病例，大佬们成功确认这货的起源地是斯里兰卡（日本人立功了）； 顺便一提，现在日本一共上传了9条BF.15序列，其中7条来自斯里兰卡输入病例，两条来自本土病例，分别位于千叶和长野……目测已经发生扩散了； 总之，现如今市面上一共190条BF.15测序记录，虽然绝对数量偏少，但早已遍布全球； 撸树的结果显示，这遍布全球的BF.15，来源几乎全是斯里兰卡。所以大佬们推测斯里兰卡从6月份开始可能发生了BF.15爆发，并大量制造输出病例——然而，由于某个众所周知的原因，斯里兰卡最近到底有没有发生爆发？谁也没法实锤…… 虽然从命名规则上来说，BF.15的父毒株是BA.5.2.1（Pango代码“BF”指代的就是"BA.5.2.1"），但是其实两者之间还夹着一个没能取得命名的分支，且这个未命名分支的绝对数量还不少（未命名的原因很无奈，这个分支起源于肯尼亚，然而肯尼亚基本不搞测序……）； BF.15的特征定义突变是刺突蛋白Y248H，而它上一代的未命名分支还额外有三个定义突变（ORF6:P57L，T6979G以及C26625T）。 BF.15基本代表了整个BA.5家族当前最快的相对增长率——当然了，这也和斯里兰卡正在到处制造输出病例有关——输出/输入病例不参与社区传播必须的残酷内卷，所以不一定代表毒株真实实力。
BF.15排全榜第8； 如果除开那些妖孽的BA.2.75们，则BF.15能排到BA.5分支的第3~ 顺便一提，之前被CDC列为重点监控对象的BA.4.6，已经被挤到第20位了……这内卷程度，竟恐怖如斯！
一种变异株之所以有资格拥有姓名，
其实是因为大家出于方便，
而给变异过程中值得特别留意的某些分支取一个约定俗成的称呼。
所以从系统发生树的角度来看，
所谓的变异株，归根结底就是一些需要留意的分支。
而我们知道，演化树发生分叉的原因，是病毒发生了突变~
因此定义某款变异株（即某个分支），最关键的因素，就是所谓的“特征定义突变”（lineage defining mutation）。
然后上面咱已经提到了一嘴，BF.15的特征定义突变，是刺突蛋白Y248H。
（或者如果更严谨一点的话，可以再加上父毒株继承下来的ORF6:P57L，T6979G和C26625T）。
然而，靠着特征定义突变来定义变异株，
是一种更适合人肉撸树的笨办法，
面对现如今五百万条序列的庞大无比的新冠系统发生树，
靠着人肉去撸，那可真是要地老天荒了……
所以，针对这个情况，大佬们搞出来一些自动化的比对分类工具，
大致来说有四种~
——请品鉴：
各位不需要了解上述四种自动分类工具到底是啥，
但既然它们是自动工具，那么各位可能已经猜到了——它们都会犯傻……
而卢老师所谓香港卫生署7月份上传的序列，
就大概率是上述某个分类工具犯傻的结果……
用人话来解释：
由于BF.15三天前才刚刚确认命名，
所以上述四种工具当中的两种（GISAID和pangoLEARN）还没来得及更新，
压根儿就识别不出来BF.15
所以退而求其次，咱用Nextclade搜了一圈儿，搜出了一共19条来自香港的所谓“BF.15”序列~
——请品鉴：
↑ 其中大概有10条左右满足卢老师所说“7月份由香港卫生署上传”的条件
接下来，咱靠着这19条“BF.15”序列撸了撸树……
结果……
——请品鉴：
↑ 解释一嘴：
上图每一个小圆点代表一条测序记录；不同的颜色代表不同的毒株；
其中蓝色=BA.5.2.1；
绿色=BF.20（即BA.5.2.1.20），这货与本文无关，就不提了；
黄绿色=BF.15；
橙色=被Nextclade判定为香港BF.15的19条序列。
所以，一图秒懂了啊各位~
这19个黄色小圆点，根本就没有位于黄绿色的分支里面……
或者换句话说：
这19个所谓的BF.15，压根儿就不是BF.15
换个角度，再来一次。
上面提到的四种分类工具，还有Usher没用，
这次咱就改用Usher得了。
顺便一提，Usher的生平见下，
各位感兴趣的话不妨自行去啃原文。
——请品鉴：
传送门：doi.org/10.1038/s41588-021-00862-7
总之，回到主题，
咱用Usher撸出了包含了截止今天为止所有BF.15序列的一棵树~
——请品鉴：
↑ 继续解释一嘴：
上图每一个小圆点代表一条测序记录；不同的颜色代表不同的检出国家/地区。
……
……
所以香港呢？
香港在哪里？
最后，除了四种自动比对工具之外，
上面咱还提到一嘴，
咱们还可以靠着特征定义突变来人肉检索……
——检索结果，请品鉴：
不管用cov-spectrum还是用GISAID，都找不出来哎
所以咯，情况就是这么个情况。
深圳这些个所谓的"BF.15"，如果真的如卢老师所说，跟香港那边同源的话呢，
那就根本不是BF.15，
而只是一些普通的BA.5.2.1而已。
这个乌龙的起源，大概可能也许只是Nextclade不小心犯傻了……
各位请稍安勿躁，稍安勿躁……
以上，散会啦~